Powstało w 1948 jako Dział Etnograficzny Muzeum Miejskiego. Od 1950 zmiana nazwy jednostki nadrzędnej na Muzeum Okręgowe. W 1959 Dział Etnograficzny przekształcono w Muzeum Etnograficzne. Od grudnia 1999 nazwa: Muzeum Etnograficzne im. Marii Znamierowskiej-Prüfferowej w Toruniu.

Pamiątka z wojska : katalog wystawy pamiątek żołnierskich z XIX i XX wieku / Hubert Czachowski. - Toruń ; Warszawa, 1997.

Przewodnik po muzeach i zbiorach w Polsce / Stanisław Lorentz. - Warszawa, 1973.

Polska zabawka ludowa : katalog wystawy kwiecień-wrzesień 2000 / Bożena Olszewska. - Toruń, 2000.

Muzeum Etnograficzne, 13.10.2014 http://www.etnomuzeum.pl/o-muzeum/